1999年3月27日，工委、管委会成立开发区国有资产管理委员会、国有资产运营公司，建立了国有资产管理、运营、监督机制，加大了国有资产管理和监督的力度。
1999年4月22日，工委下发了《关于深化区属企业改革的意见》，对区属公司改革的思路、目标、任务作了全面部署，区属企业改革拉开帷幕。
1999年5月4日，合肥汉斯卡丁车娱乐有限公司入区建设。
1999年6月2日，合肥市委、市政府下发《关于进一步加快小城镇建设的意见》，加快了开发区农村社区的建设发展速度。
1999年7月，为纪念建国五十周年，安徽纪念园（建成后更名为徽园）开工建设。
1999年9月1日，合肥统一企业有限公司建成开业。
1999年10月，中共中央政治局委员、中国社科院院长李铁映视察合肥经济技术开发区。
1999年11月，原中共中央政治局常委、全国人大委员会委员长乔石视察合肥经济技术开发区。2002年6月第二次来开发区视察。
1999年11月，合肥中锐国际学校、合肥润安公学入区建设。